Casi siempre la criptococosis es causada por Cryptococcus neoformans, una levadura encapsulada (División Basidiomycota). A diferencia de la mayoría de los hongos patógenos, este microorganismo aparece en forma de levadura tanto en el huésped como en el medio ambiente. La fase perfecta (micelial) de este hongo se denomina Filobasidiella neoformans o Filobasidiella bacillisporus. Nunca se ha aislado esta fase en los pacientes ni se la ha hallado en estado natural; únicamente se encuentra en el laboratorio bajo ciertas condiciones